飞机：印尼主要的空中入境口岸有雅加达、泗水、棉兰、登巴萨等城市。目前从中国直接去印尼须搭乘飞机，入境口岸为雅加达和棉兰。中国飞往印尼的航线有两条：一是中国国际航空公司航线，每周两个航班，从北京经停厦门或深圳飞往雅加达；另一是南方航空公司航线，亦每周两个航班，从广州起飞经停棉兰、雅加达抵泗水。如遇中国航空公司因故而无直飞航班，游客可取道香港、新加坡、马尼拉，再转飞印尼。欲去巴厘，须搭乘其它国际航班或印尼国内航政。游客可根据各自的旅游目的地选择入境或下机城市。中国国际航空公司（www.airchina.com.cn）开通有北京直飞雅加达和经新加坡或香港飞往雅加达的航班，以及北京经香港飞往巴厘岛或泗水的航班。国泰航空公司（www.cathaypacific.com）和印度尼西亚航空公司开通有上海直飞雅加达的航班。中国东方航空公司开通有上海经新加坡飞往雅加达的航班。
位于爪哇岛的雅加达和巴厘岛的登巴萨（Denpasar）都有飞往亚洲各主要城市和其他地区的航班。除了这两个主要的航空港以外，苏门答腊的棉兰（Medan）和巴东（Padang）、爪哇的日惹和泗水（Surabaya）、苏拉威西的万鸦老（Manado）和孟加锡也有一些国际航班。出入马来西亚：雅加达和登巴萨有许多飞往吉隆坡的航班。胜安航空公司（SilkAir）还提供吉隆坡至棉兰（单程US$84）、吉隆坡至巴东（单程US$125）的航班。马来西亚航空公司提供日惹至吉隆坡的航班（单程US$188）。印尼Garuda航空公司有从泗水飞往吉隆坡的航班（单程US$193）。
国际机场离境税：乘坐国际航班的离境税是100 000Rp。出入新加坡：除了数目众多的往返雅加达和登巴萨的航班外，Garuda航空公司还提供从新加坡往返万鸦老（单程US$500）、棉兰（单程US$208）和泗水（单程US$193）的航班。出入其他国际城市：从雅加达和登巴萨可以很便捷地到达东南亚的其他主要城市。Merpati航空公司可提供从帝力至雅加达的航班（单程US$237）。
出入马来西亚：马来西亚和苏门答腊岛之间有许多渡船来往。槟城（Penang，马来西亚）与勿拉湾（Belawan，苏门答腊岛棉兰附近）之间有舒适的快艇运营，是目前入境印尼人流量最多的一条线路（RM90）。杜迈（Dumai，苏门答腊）和马六甲（马来西亚）之间也有客轮，票价140 000Rp；民丹岛（Pulau Batam，苏门答腊）和Kuala Tungkal（马来西亚）之间的客轮票价为80 000Rp。在加里曼丹的东海岸，每天早晨都有多班快艇从打拉根港（Tarakan）到奴奴干城（Nunukan；82 000Rp），以及从奴奴干城到斗湖（Tawau；110 000Rp）。出入巴布亚新几内亚：可以租船从查亚普拉前往巴布亚新几内亚的瓦尼莫（每人350 000Rp）。如果要进入印尼，需要签证。出入新加坡：新加坡有客轮前往苏门答腊的巴淡岛（US$16）和民丹岛（120 000Rp）。
目前陆地上有三个入境点可进入印度尼西亚。第一个是位于加里曼丹和沙捞越的打必禄（Tebedu，位于马属婆罗洲）之间的恩迪贡（Entikong）。可获得落地签证，。 另一个现在开放的入境口位于东西帝汶交界处的Motoain，但是无论从东帝汶，还是从西帝汶过境，都必须事先办好签证。游客还可以通过查亚普拉（Jayapura）或圣塔尼（Sentani）至巴布亚新几内亚的瓦尼莫（Vanimo）的公路进入印尼，；在出发前必须事先掌握最新情况。在进入印度尼西亚前要事先取得签证。
飞机：印尼国家航空公司Garuda（www.garuda-indonesia.com）的喷气式客机运营大多数国内的主要航线。Merpari航空公司（www.merpati.co.id）是国内航线的主要运营商，其网络覆盖全国各个角落。Bouraq 、Lion Air、Mandala、Pelita Air和Jatayu等航空公司也提供国内线路。主要航空公司的服务都较可靠，但越次要的航线服务越混乱。各个机场的国内机场离境税从12 000Rp至25 000Rp不等。在机场登机前缴纳。
自行车：大部分城市的旅馆、旅行社和餐馆都可以租到自行车，每天的租金约为12 000Rp；但像样的山地自行车却很难租到。偏僻的街道很适合骑车游览，但繁忙的交通和较差的路况并不适合长时间骑车旅行。
渡船 苏门答腊岛、爪哇岛、巴厘岛和努沙登加拉群岛（Nusa Tenggara）之间都有定期客轮。客运公司Pelni的航线几乎覆盖了全国其他各个角落。
Pelni公司（www.pelni.co.id）拥有现代化的客运船队，航线覆盖了印尼所有各大主要港口和群岛大多数偏远地区。线路及时间表变化频繁，但Pelni公司的网站可以及时查寻到。Pelni公司的客舱有四个等级，以及经济舱（kelas ekonomi），也就是老式甲板舱的现代版；一等舱（Class I）豪华舱，每个舱位只有两个铺位，价格也相对较贵，四等舱（Class IV）则有八个铺位。而经济舱就只适合短途旅行了。你最多可以提前两周订票；一般最好能提前数天预订船票。
其他客轮：在其他较为偏僻的外岛上，只有放松心情等待恰好经过的客轮。可与当地港口办公室和船运公司联系。 当然你也可以安排一些不同寻常的海上旅行。在印尼的海域上，还能看得到老式的孟加锡帆船，你可以从苏拉威西乘坐这种船到其他岛屿，特别是爪哇岛。
公共汽车：印尼有各种公共汽车提供交通服务，可以将你从巴厘岛一直载到苏门答腊，既有后厢设有木凳的卡车，也有提供空调、电视和卡拉OK的豪华客车。爪哇和苏门答腊的公共汽车服务种类最多。当地的公共汽车票价最便宜，这些客车都要等客满才出发，而且中途可以根据旅客的要求停车。公共汽车的档次不同，票价也不一样，这都要看车上是否有空调、电视和卫生间等等而定。小型客车通常只跑短途客运。在苏门答腊，特别是爪哇岛，豪华小客车也运营主要线路。巴厘岛还有旅游客车运行于热门的旅游线路。但在其他岛屿上，客车旅游就不太方便了，只能乘坐当地的公共汽车。
小汽车和摩托车：在巴厘岛，你可以租借铃木Jimny吉普车进行自驾游，每天的租金不少于80 000Rp，并提供有限的保险；但离旅游区越远，租金就越高，而且也越难找到出租公司。如果你不喜欢在印尼喧闹的大街上自驾车，可以租辆汽车并雇上一个驾驶员，每天的花费为300 000Rp。 印尼也可以租到摩托车（通常为90CC至125CC），租金大约为每天40 000Rp。但你必须戴头盔，还要有过硬的驾驶技术。
搭便车：在印尼你可以搭到便车，但不建议游客这么做。因为司机的开价通常与公共汽车的票价相当——甚至更多——而且也十分不安全。
本地交通：小型公共汽车到处都是。它们的始祖就是bemo（一种三轮客货两用车）。而在其他地区，这种小客车的名称之多令你头晕目眩，如opelet、mikrolet和colt等。一般这些小客车都有固定的线路，但你也可以像乘坐出租车那样租用。这里与许多亚洲的城市一样，能见到人力三轮车（Becak），但这仅限在城镇里。Bajaj相当于印度的电动黄包车。而在一些宁静的小镇上，你甚至还可以看到马车，被称为dokar、cidomo和andong。在大部分地区，最容易搭乘的是ojek（摩托出租车）。 印尼的许多城镇上都有出租车，司机们有时甚至会使用里程表。
火车：爪哇岛全岛境内都有铁路运营，十分便利。而在苏门答腊岛，铁路交通就十分有限了。欲了解列车时刻表及票价.
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